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 La mission du Pôle est de créer des synergies entre les partenaires du Comité de pilotage,  d'encourager des actions autour du fait alimentaire, dans le but de contribuer au développement régional, du champ à la fourchette, et de renforcer l’image alimentaire de l’Alsace, tant à l’intérieur qu’à l’extérieur du territoire. Il a également pour rôle de conforter la confiance des citoyens dans leur alimentation, notamment par la formation à la gastronomie, dans la double direction d'une tradition assainie et de l'innovation.
C’est ce qui a amené à intituler le Pôle Science et Culture Alimentaire d’Alsace de la manière suivante :

« Regards croisés sur l’alimentation : tradition et innovation »

Ce thème de travail du Pôle sera décliné en sous-thématiques.
Les actions du Pôle se construiront en favorisant les rencontres et les croisements entre les six composantes du Pôle : agriculture, enseignement, grand public, industrie, métiers de bouche, et recherche.